目前，已育成通过省级鉴定不育系15个，其中具有粳稻细胞质的新质源不育系K17A等已投入生产应用。由中国水稻研究所育成的印尼水田谷型优质不育系中9A的使用权已向全国11个省转让，为优质超级稻的选育和产业化开发奠定了良好的基础。

此外，尚有一些特殊类型的不育系问世，并先后推出恢复系17个，为杂交稻米质的改良和抗性的增强创造了物质条件。

参加单位华南农业大学利用特异亲和基因，在建立粳型亲籼系鉴定体系的基础上，已成功地鉴定出符合标准的4个粳型亲籼系。福建农业大学已先后育成具有高配合力、易制种的长穗颈籼型胞质不育系和光温敏核不育系，为保证杂交稻种子的纯度，中国水稻研究所推出了用转基因技术育成的含显性抗除草剂Bar基因的恢复系TR500，此外，协作组远缘杂交技术还创制了一批抗病虫、耐盐、耐旱的水稻新材料。

为加快超级稻的生产应用和推广，1999年-2001年间有8个良种通过栽培技术配套开展了百亩方生产示范，经有关部门组织专家考察验收，百亩示范片单季稻平均亩产在734.4公斤-834.2公斤之间，连作晚稻平均亩产超700公斤，再生稻主季加再生季平均亩产超1200公斤。示范片产量创各地历史最高记录，实现了超级稻第一阶段产量指标。

通过超级稻在各地的示范带动了超级稻及其生产技术的应用和推广，增强了农民的科技意识，为农村种植结构调整提供了实用技术。

超级稻项目的实施，采取核心技术+配套技术示范约15000亩，一般比常规技术亩增80公斤，平均亩增效96元。核心技术辐射推广约100万亩，比常规技术增产50公斤/亩，比常规技术增效60元/亩，合计增加经济效益6000万元。超级稻研究项目育成的超级稻及其生产技术1999年-2001年累计推广应用达3000万亩以上，以单位增加效益100元/亩计，经济效益达30亿元。

该集成技术的应用可提高肥料利用率5%-10%，提高水资源利用率30%，减少农药使用，减少稻田排水对水质的污染，对提高资源利用率、提高生态环境质量效果明显。