头季稻群体控制不合理。氮肥偏多，控苗不及时，造成头季群体过旺，个体不健壮，再生发苗率低，产量受到明显影响。

头季停止灌溉过早。为干田收割，在头季乳熟期停止灌溉引起干旱，使根系拉断，光合效率降低，导致再生苗明显减少，产量下降。

关季收割期不对。再生芽未出苗前是靠头季稻供养的。过早收割头季稻，再生芽难以自养。常规稻品种头季90%成熟为收割适期，大多数杂交品种往往要接近完全成熟时才适宜收割。正确的收割日期应看芽长而定。一般倒2-3节再生芽平均2厘米以上时收割，再生芽发苗率已不受影响。如收割过迟也会因部分再生苗被割伤而减产。

施肥不合理。我省过去沿用四川省的经验，头季齐穗后10-15天施用尿素作催芽肥。实践证明，这种施肥法所施肥料被再生芽利用的极少，一般不能提高再生发苗率，而会使再生稻穗粒数减少。此法在四川有积极意义，是因它可使再生芽萌发早，齐穗期提前，有利避开寒露风的危害。而在我省只要不盲目使用生育期太长的品种，一般难以碰上寒露风，再按上述方法使用催芽肥，只会浪费肥料，减少再生稻产量。根据初步研究，再生稻一般在头季收割前1-3天亩用尿素10公斤作发苗肥已足够了。过多施用，发苗率、产量亦不能提高，因再生稻有别于双季稻，它是头季稻的继续和发展，对头季稻的依赖性很强，头季稻的管理水平就基本上决定了再生稻的产量水平。同时，此栽培模式要重视头季稻壮苞肥的施用，为使头季稻齐穗后保持较好的叶色，一般将头季稻壮苞肥推迟至抽穗前几天施用，每亩一般用尿素2.5公斤。要做到氮、磷、钾合理搭配，有机肥和无机肥结合施用。

此外，还存在病虫防治和头季收割高度等问题，这些问题没有解决好，同样减产很严重。像长沙地区，蓄留再生稻一定要注意防治好头季稻的纹枯病和二代二化螟，纹枯病一般用三次药较为稳妥，二代二螟危害时期需用药二次。且每亩每次至少对二桶水以上，繁茂性好的要对三桶水。留桩高度像汕优63、威优644、威优288、威优46应为40厘米左右，过高过低均会影响再生稻产量。