2009年，我所进一步加强基础与应用基础研究。重要进展有：一是“水稻重要遗传材料的创制和应用”申报2009年浙江科技进步一等奖。该研究通过化学、辐射和自然突变等技术，筛选了多种形态、生理、生化突变材料，克隆了有关控制水稻穗粒数基因、粮饲两用突变体基因、水稻顶节间伸长的突变体基因等，构建的国际上第一套籼型形态标记等基因系涵盖了水稻12条染色体，并被作为遗传分析工具被广泛应用，所携带的27个标记基因已全部克隆；创建了经8个世代套袋自交的、基因型高度纯合的“广陆矮4号”，为水稻全基因组测序奠定材料基础；从野生稻、地方种和现代改良种中挖掘抗病虫种质资源，并对相关基因进行分子定位和QTL分析，通过分子辅助技术将之和其它抗病虫基因进行聚合，育成了高抗白背飞虱、抗褐飞虱、稻瘟病及白叶枯病的系列优质米品种推广应用。二是大力开展基因定位和生物信息研究，克隆一批重要农艺性状基因。与中国科学院遗传所、上海植生所等研究单位合作，克隆了水稻密穗基因“DEP1”、卷叶基因“SLL1”、水稻额外颖基因“EG1”等性状和功能控制基因，并在国际顶尖杂志《Nature Genetics》、《Plant Cell》和《The Plant Journal》上发表了一批学术论文。同时开展了普通野生稻抗飞虱基因定位与抗飞虱杂交稻亲本构建、白叶枯病抗性基因聚合等研究。

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