水稻基因数比人类基因数多通过对水稻基因组序列框架图的详尽分析，估计水稻基因组中基因总数在46022至55615之间，并基本确定了其中一万多个基因的功能。其基因总数几乎是人类基因组基因总数的两倍。正如美国华盛顿大学王刚博士所说：“我们津津乐道于人类自己基因组的优越时，可至少在基因数目上已输给了养活人类的水稻”。

“基因家族”成员多在进化过程中，水稻基因主要通过基因加倍而使“基因家族”的成员数目增加，但每一“成员”的功能比较单一。而人类主要通过一个基因产生多个不同的“编辑”产物。可以这样比喻：人类的基因就好像一把多功能军刀，它可以让你用一个基因干很多不同的事；如果你没有多功能军刀，那你只能在口袋里携带一大堆工具，就像水稻基因那样。

基因头尾差别大大部分水稻基因的头部与尾部组成不一样。头部的GC含量要比尾部高出四分之一。编码某个氨基酸所使用的遗传密码子偏向性不同。而在已测定的拟南芥基因组中基因的头部和尾部的GC组成与密码子的使用偏向性基本相似。这种差异增加了基因发现的难度。水稻基因组中的小基因难以发现，而人类基因组中的大基因则难以发现。

“垃圾”多在基因外水稻、拟南芥与人类基因组都有很多不编码蛋白质的“垃圾”序列。水稻的这些“垃圾”序列多位于基因之外，而人类却在基因之内。正因为如此，水稻基因的平均长度只有4500个碱基，而人类基因的平均长度为72000个碱基。可是这些“垃圾”里面肯定有“宝贝”。“杂种优势”的奥秘很可能与这些“垃圾”中的“宝贝”有关。

禾本植物差别大都属于禾本科的水稻、小麦、高粱、玉米等是单子叶植物，拟南芥、大豆等是双子叶植物。拟南芥已发现有25000个基因，百分之八十左右的基因在水稻的基因组中都可找到；而水稻基因组中只有一半不到的基因在拟南芥基因组中找到，找不到的基因中有相当一部分是新的基因。

籼稻粳稻不一样六分之一的籼稻与粳稻的基因组不一样。而不一样的区域主要为多个备份的“移动因子”的不同。

水稻序列变异多水稻相互之间的差异近百分之一，而人类序列的相互差异为千分之一左右。这些序列差异为育种提供了非常重要的分子标记。

“杂交优势”露端倪籼稻与杂交水稻母本的序列给杂交水稻的机制提供了新的启示：“杂交优势”很可能与基因组大小、组分、基因表达等都有关系。据杂交水稻的基因的“表达谱”的初步分析，在父本、母本及杂种后代有很大不同。“杂交优势”很可能与基因“表达谱”也有关系。