螟虫：水稻抛栽后，整个生育期根叶基本不受伤害，稻苗一直保持嫩绿，由于二化螟、稻纵卷叶螟的趋绿特性使抛栽田更易诱集发生，故其危害偏早偏重。据资料统计，相同品种对比，遭受螟虫危害的百蔸白穗数抛栽田比常规栽培田多1.5倍。防治应根据当地预测提前2天，且适当加大药量。一般亩用25%杀虫双150克，加水75-100公斤喷雾，或用40%氧化乐果75克加水50公斤喷雾，或用90%敌百虫100克加40%稻瘟净50克，对水50-60公斤喷雾。

草害：水稻抛栽后至秧苗扎根立苗前，田间不建水层，土壤处于湿润状态，对杂草特别是稗草的生长极为有利，杂草发生数量明显多于常规栽培田，且发生高峰提前，危害时间拉长、加重。据调查，早稻抛栽后40天，总体杂草株数、鲜重分别比常规栽培田多1.8倍和5.1倍，尤其是稗草的株数、鲜重增加2.3倍和5.8倍。防治掌握在抛栽秧苗基本直立后，即抛栽后5-7天左右，选择安全性较好的农药封杀杂草，一般亩用35%丁苄可湿性粉剂80-120克或10%吡嘧磺隆20克，抖尿素10公斤撒施，并保持3厘米以上水层5天；在抛栽15-20天，对仍有多残存稗草的田间，必须进行补治，亩用50%二氯喹啉酸可湿性粉剂40克加水30公斤喷雾，喷后1天灌水淹草，保持浅水层5-7天。据3年的抛秧稻田应用，除草效果可稳定在90%以上，安全性也较好。