插秧前后捞菌核：纹枯病的病源菌主要以菌核在土壤中越冬，水田放水后，便漂浮在水面上。因此，从本田泡田到插秧结束，打捞菌核是有效的防治措施之一。第一次打捞宜在淹水泡垡之后，菌核随风吹到田埂边；第二、三次可分别在耙田耙平或插完秧之后进行。打捞出的浪渣和菌核要运到田外深埋或烧掉。

改进栽培管理技术：合理密植，降低田间湿度。亩施有机肥要不少于4000公斤。施化肥，氮肥最多不超过70公斤，磷肥不少于30公斤。要注意浅水浇，适当烤田，以增强水稻抗倒、抗病能力。

药剂防治：在6月下旬到7月上旬发病初期和水稻孕穗、开花期可用70%甲基托布津可湿粉剂700倍液喷雾，每亩用药液75-100公斤；或用10%井岗霉素50PPM，每亩喷75-100公斤药注入；也可用50%的多菌灵500倍液，也有较好的防治效果。