与中科院上海植物生理生态所、遗传与发育研究所、北京基因组研究所等单位研究人员合作，成功克隆了水稻卷叶基因SLL-1、多蘖矮秆基因td88、密穗基因DEP1、卷叶基因SLL1、水稻酚反应控制基因Phr1、水稻额外颖基因EG1以及控制水稻理想株型的主效数量性状基因IPA1等近20个，精细定位了一批分蘖相关基因、抗白背飞虱基因等，构建了粒重等重要农艺性状近等基因系；对我国517个类型丰富的地方品种进行全基因组序列分析，构建高密度的单倍型图谱，进行14个农艺性状的全基因组关联分析，为水稻遗传学研究和水稻育种提供了重要的基础数据。相关研究成果发表在国际顶尖杂志《Nature Genetics》、《Plant Cell》和《The Plant Journal》等。

作为主要完成单位之一，“揭示水稻理想株型形成的分子调控机制”获两院院士评选为2010年度中国科学十大进展；“水稻基因育种技术获突破性进展”获评为瀚霖杯2010年中国十大科技进展新闻。

此外，从云南地方品种鬼衣谷等材料中研究发现的抗白背飞虱新基因Wbph6(t)，被国际水稻基因命名组织正式命名为Wbph6，成为我国在国际上注册并拥有自主知识产权的抗白背飞虱基因，为我国抗白背飞虱基因研究填补了空白。