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1999年10月起，科学家开始酝酿杂交水稻基因组计划。

2000年5月11日，中科院基因组信息学中心暨北京华大基因研究中心、国家杂交水稻工程技术研究中心和中科院遗传所3家单位联合宣布实施“中国超级杂交水稻基因组计划”，进行从基因组到分子育种、大田实验的全方位研究开发。

2000年5月16日，权威杂志《科学》详细报道了这一计划。

2000年底，北京华大基因研究中心等单位的科学家完成1．5倍覆盖率的杂交水稻母本测序，但因计算机容量相对不足和相应软件不足，测序暂停。

2001年4月，曙光3000大型计算机到位，研究团队开始杂交水稻父本的测序。

2001年7月，SUN一万大型计算机到位，杂交水稻父本全方面采用“鸟枪法”测序。

2001年9月20日，完成杂交水稻父本4倍的测序任务，“工作框架图”基本完成。

2001年10月12日，中科院、国家计委、科技部联合宣布我国科学家完成了水稻基因组的“工作框架图”，标志着我国进入世界基因组研究的前列。国务院副总理温家宝致信中科院祝贺。

2002年4月4日，中国科学院和美国《科学》杂志在京联合举行通报会宣布，中国科学家成功绘制出水稻基因组图谱。4月5日在美国出版的《科学》杂志以封面文章的形式发表了中国科学家有关水稻基因的论文，获得国际同行的高度评价，引起全世界的关注。（据新华社）

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